W debacie nad Inkwizycją jednym z najczęściej wymienianych problemów badawczych jest pytanie o liczbę ofiar, za które pośrednio lub bezpośrednio odpowiedzialne były trybunały wiary. Trzeba jasno stwierdzić: dokładna liczba ofiar nie jest dziś możliwa do ustalenia ze względu na zbyt skąpy (lub fragmentaryczny) materiał archiwalno-dowodowy. W przybliżeniu podać można (zarówno w przypadku Inkwizycji pontyfikalnej, jak i państwowej Inkwizycji hiszpańskiej), że ogólny procent przekazanych ramieniu świeckiemu przez trybunały wiary waha się w granicach 5 procent. Jednak nawet tak ogólne dane należy opatrzyć dwoma komentarzami.

Po wtóre, należy pamiętać, że często sprawy religijne pokrywały się w oskarżeniach z wykroczeniami kryminalnymi. W tych sytuacjach trudno orzec, czy trybunał wiary, po przekazaniu oskarżonego kryminalisty sądom świeckim może być statystycznie zakwalifikowany jako odpowiedzialny za wyrok skazujący. Niejednokrotnie badania historyczne polegają na pewnym uproszczeniu i niedbalstwie intelektualnym archiwistów, którzy niejednokrotnie uznawali, że wyrok skazujący znaczył niechybnie stos, a w wielu przypadkach była to tylko kara kanoniczna (na przykład, cztery psalmy pokutne do codziennego odmówienia przez „skazanego”).

Jak wspomina historyk Joseph Hefele, w bardzo licznych ceremoniach auto-da-fé nie gorzało nic więcej prócz świec woskowych, które pokutnicy na znak ponownie ożywionej w nich wiary dzierżyli w swych rękach.